H Μονάδα Δ έχει, μεταξύ άλλων τις ακόλουθες αρμοδιότητες:

• Μεριμνά για την κατάρτιση του ετήσιου προγράμματος ενεργειών τεχνικής υποστήριξης της εφαρμογής σε συνεργασία με τις άλλες μονάδες και την υποβολή του προς έγκριση.
• Εκτελεί τα έργα τεχνικής υποστήριξης της εφαρμογής με δικαιούχο την Ενδιάμεση Διαχειριστική Αρχή και τηρεί τα στοιχεία φυσικού και οικονομικού αντικειμένου των έργων αυτών.
• Καταρτίζει, σε συνεργασία με τις άλλες Μονάδες και υποβάλλει στο Γενικό Γραμματέα της Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, ετήσιο πρόγραμμα ενεργειών για το επόμενο έτος με ποσοτικούς και ποιοτικούς στόχους με βάση το στρατηγικό προγραμματισμό της Διάσκεψης των Προέδρων των Επιτροπών Παρακολούθησης.
• Καταρτίζει τις περιοδικές εκθέσεις για τα επιτευχθέντα αποτελέσματα σε σχέση με τους ετήσιους στόχους σε συνεργασία με τις άλλες Μονάδες.
• Οργανώνει και λειτουργεί το γραφείο ΟΠΣ καθώς και γραφείο πληροφοριών για την παροχή άμεσης ενημέρωσης και κατευθύνσεων στους ενδιαφερόμενους.
• Υποστηρίζει την οργάνωση των συνεδριάσεων της Επιτροπής Παρακολούθησης του οικείου περιφερειακού επιχειρησιακού προγράμματος.