H Μονάδα Β έχει, μεταξύ άλλων τις ακόλουθες αρμοδιότητες:

• Παρακολουθεί την πορεία υλοποίησης των συγχρηματοδοτούμενων πράξεων και μεριμνά για την υλοποίηση τους με βάση την απόφαση ένταξης και τις αναληφθείσες νομικές δεσμεύσεις.
• Υποβάλλει στην Επιτροπή τις απαιτούμενες για τα μεγάλα έργα πληροφορίες.
• Διενεργεί διοικητικές επαληθεύσεις προκειμένου να επιβεβαιωθεί η παράδοση των συγχρηματοδοτούμενων προϊόντων και υπηρεσιών και η πραγματική πραγματοποίηση των δαπανών που δηλώνουν οι δικαιούχοι.
• Τηρεί αρχεία στο ΟΠΣ για τις επαληθεύσεις που πραγματοποιούνται σύμφωνα με τα πρότυπα και διαδικασίες του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου.
• Μεριμνά για την παροχή στοιχείων προόδου εκτέλεσης των πράξεων στις αρμόδιες για τη χρηματοδότηση δημόσιες υπηρεσίες.
• Συνεργάζεται με την Εθνική Αρχή Συντονισμού καθώς και την καθ΄ ύλην αρμόδια υπηρεσία συντονισμού για θέματα ΕΚΤ και παρέχει σε αυτές κάθε πληροφορία που ζητείται.