Η Μονάδα Α έχει, μεταξύ άλλων τις ακόλουθες αρμοδιότητες:

• Προβαίνει στην εξειδίκευση των αξόνων προτεραιότητας που διαχειρίζεται σύμφωνα με τις κατευθύνσεις της Εθνικής Αρχής Συντονισμού.
• Εισηγείται στην Επιτροπή Παρακολούθησης τα κριτήρια ένταξης των πράξεων στους άξονες προτεραιότητας μετά από τη σύμφωνη γνώμη της Ειδικής Υπηρεσίας Συντονισμού της Εφαρμογής Επιχειρησιακών Προγραμμάτων (ΕΥΣΣΑΑΠ).
• Συνεργάζεται με την ΕΥΣΣΑΑΠ για την οργάνωση των αξιολογήσεων του ΠΕΠ.
• Υποστηρίζει την αποστολή και τις εργασίες της Επιτροπής Παρακολούθησης.
• Προγραμματίζει και προετοιμάζει σε συνεργασία με τη Μονάδα Β τις προσκλήσεις για την υποβολή αιτήσεων χρηματοδότησης καθώς και την σχετική τους έκδοση.
• Συγκεντρώνει, ελέγχει, αξιολογεί την πληρότητα όλων των προτάσεων που υποβάλλονται και μεριμνά για την έκδοση της απόφασης ένταξης των πράξεων.