Το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Μακεδονίας – Θράκης 2007-2013 συντάχθηκε στα πλαίσια του Εθνικού Στρατηγικού Πλαισίου Αναφοράς (ΕΣΠΑ) για την προγραμματική περίοδο 2007-2013.
Αποτελεί ένα από τα 5 Περιφερειακά Επιχειρησιακά Προγράμματα τα οποία μαζί με τα 8 Τομεακά και τα δώδεκα 12 Προγράμματα Ευρωπαϊκής Εδαφικής Συνεργασίας συγκροτούν το ΕΣΠΑ 2007-2013.
Το Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Μακεδονίας-Θράκης αναπτύσσει τις αναπτυξιακές του παρεμβάσεις σε μία συγκεκριμένη χωρική ενότητα. Αυτή η χωρική ενότητα συγκροτείται από τρεις Διοικητικές Περιφέρειες. Υπάρχουν δύο Διοικητικές Περιφέρειες, η Κεντρική και η Δυτική Μακεδονία, οι οποίες είναι Περιφέρειες fasing out και η Ανατολική Μακεδονία που είναι αμιγής Περιφέρεια σύγκλισης.
Αυτό δημιουργεί μία διαφοροποίηση ως προς τις χρηματοδοτικές δυνατότητες των δύο Περιφερειών, σύμφωνα με τους κανονισμούς που διέπουν την 4η προγραμματική περίοδο. Η Κεντρική και η Δυτική Μακεδονία χρηματοδοτούν όλες τις αναπτυξιακές της παρεμβάσεις μέσω του συγκεκριμένου προγράμματος Μακεδονίας - Θράκης 2007-2013 και έχουν τη δυνατότητα να χρηματοδοτούνται μόνο μέσω του Ταμείου Συνοχής, ενώ η Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας χρηματοδοτείται μέσω του συγκεκριμένου προγράμματος Μακεδονίας-Θράκης 2007-2013, αλλά και μέσω των τομεακών προγραμμάτων που αναπτύσσονται στο σύνολο της χώρας.
Το ΠΕΠ Μακεδονίας - Θράκης εγκρίθηκε με την υπ’ αριθμ.Ε (2007) 5337 26-10-2007 CCI 2007 GR 161 PO 008 απόφαση της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.
Έχουν εκδοθεί όλες οι Υπουργικές Αποφάσεις σύστασης και τροποποίησης των Ειδικών Υπηρεσιών Διαχείρισης, των Ενδιάμεσων Διαχειριστικών Αρχών και έχουν καθορισθεί οι αρμοδιότητες των ενδιάμεσων φορέων διαχείρισης.
Ολοκληρώθηκαν οι διαδικασίες με τις οποίες θεσμοθετούνται οι βασικοί κανόνες του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων.
Το αναπτυξιακό όραμα της χωρικής ενότητας γι’ αυτή την προγραμματική περίοδο συμπυκνώνεται στη «δημιουργία μιας βιώσιμης, ανταγωνιστικής περιφερειακής οικονομίας με έντονα εξωστρεφή προσανατολισμό και εσωτερική οικονομική, κοινωνική, χωρική και διοικητική συνοχή».